电影: Yuji Ueda

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。这次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。...

　　故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。...

收集到关都八个道馆徽章的小智与他的同伴，某日，和海盗风格的训练家(台译：美国男)战斗完后，忽然收到快龙送来的信，内容说是要邀请他们和“全世界最强的训练家”会面，地点是新岛的神奇宝贝城，他们就毫不迟疑的前往。然而这其实是被人类以复制方式所创造出的神奇宝贝—超梦为了报复，所设下的陷阱。而这时，在亚马逊丛林的深处，梦幻也感受到超梦的存在而苏醒，一场“本尊”和“分身”间的战争即将展开。...

在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。一个叫雪成的男孩想进去那个森林去画画，在森林内，雪成遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比，当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候，雪拉比带着雪成到了40年后（现代），正好小智他们在这森林里，他们救了雪成，雪成告诉了小智他们关于时拉比的事，小智他们救了雪拉比，并和他成为了好朋友。与此同时，火箭队的三干部比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪拉比。比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智...

　　小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。 　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”...

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森...

正在进行修业之旅的小智、小刚、小遥和小正，在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克以及小智一行展开激烈的正邪争夺战...

小智一行人在旅行途中突然遇到“梦幻神奇宝贝”-波尔凯尼恩从天而降，其落下的冲撃让小智与波尔凯尼恩被奇妙的装置联系在一起，被波尔凯尼恩给牵着走的小智等人来到了有巨大齿轮的都市阿佐特王国… 拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市——阿佐特王国的大臣贾维斯，得到了他长年所追寻的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造神奇宝贝——玛机雅娜，以及据说寄存在玛机雅娜体内，被称为“魂心”的未知力量。 究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能合力救出玛机雅娜呢？然而，隐藏于“魂心”中的真正力量又是什么...

在这个世界上有一个神秘的镜子反射般的世界。在那里没有所谓的美丽，是骑拉帝纳栖息之处。可是因为帝牙卢卡与帕路奇犽的战斗，时空开始扭曲，反转世界被称为黑色瘴毒的云层给覆盖。看到自己的栖身之所被玷污而震怒的骑拉帝纳，找到了罪魁祸首帝牙卢卡，并打算将其带入反转世界。另一方面，在小智等人跟前出现了样子迷你可爱的神奇宝贝，那是被称为感谢神奇宝贝的洁咪。为了帮助洁咪前往葛拉西蒂亚花花田，以进行被称为“花之传递”的集体迁移，小智一行人和洁咪展开了短暂的冒险旅程。...

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，...

很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的神奇宝贝-路卡利欧跟自己一起牺牲，亚朗于是并将它封印在权杖内，就这样过了好几百年......。小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办歌诵勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典举办的比赛中拿到优胜，荣获勇者亚朗的名号。在当晚，正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路...

传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由。...

小智一行人为了观看一千年才出现七天的千年彗星，而来到了某处，正好有移动式游乐园也到了这里。在游乐园内，他们认识了魔术师巴特勒与他的助手黛安。在表演中，小胜不时听到有人在呼唤他的声音，巴特勒得知后，并告诉他们有关基拉祈的事，同时将沉眠之茧交给他们。传说当千年彗星造访地球的时候，只要有心地纯真的人当搭档，基拉祈就能从沉眠之茧中苏醒七天，之后就会再次沉睡。基拉祈具有实现人们愿望的能力，表面和善的巴特勒，背地却想利用基拉祈的力量来达成自己的野心，小智等人有办法保护基拉祈吗？在这不可思议的七天七夜里，一场...

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说神奇宝贝在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大传说神奇宝贝的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”...

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝——拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密地看守着守护这座城市的宝石：心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？...

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂...

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在臭氧层的天空神奇宝贝—烈空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。战况到了最后，烈空坐原本陷入一面倒的惨况，让代欧奇希斯松懈了下来，没想到代欧奇希斯却一时大意，被烈空坐最后的破坏死光消灭，其核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心，但是小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城...

在人迹罕至的一块净土上，超梦和复制的宝可梦过着平静的生活，但是发现了超梦的阪木却暗中进行着不为人知的秘密计划，最后连小智一行人也被牵连其中，开始了一场攸关超梦和复制的宝可梦们命运的壮烈战役……...

此时的德国正要面对着第一次世界大战战败后所产生的恶性通货膨胀。 爱德来到一个无法使用炼金术的世界（即现实世界），为了寻找回到他原来世界的线索，便与他弟弟相似的另一个青年阿尔冯斯·海德利西一起进行火箭的研究，但对爱德而言，漫长的两年时光过去，相对能找出回到原来世界的机会也越来越渺茫。 一日，与阿尔冯斯一同前往嘉年华会的爱德，遇到了一位名为“诺雅”的吉普赛女性。 拥有不可思议力量的她，有着只要借由接触对方就能看见被接触者的内心及想法的能力。她是被当时德国人称为“次等民族”的吉普赛人中的一员，她...

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。 在旅途中，小智们与正在寻找同伴的神奇宝贝索罗亚相遇，并一起结伴同行。 就在此时，被称为索罗亚克的神奇宝贝竟然化身成为雷皇、炎帝、水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。 就连相隔了20年再度回到这座城市的雪拉比，也面临了危险……...